Fəlsəfəyə dərin maraq göstərən Sərdar Cəlaloğlu “Mahiyyət” adında fəlsəfi traktat yazaraq çap etdirib. Bundan başqa, tərəqqinin metafizikası ilə bağlı üç cilddən ibarət əsərini, “Qurani-Kərim”in elmi-fəlsəfi-dini izahına həsr olunan çox cildliyini çapa hazırlayıb. Özünün dediyinə görə, “Mahiyyət” Azərbaycan fəlsəfə tarixində ilk fundamental əsərdir və mərhum akademik Azad Mirzəcanzadəni də heyrətləndirib. 

-1994-cü ildə insanın mahiyyəti haqqında “Mahiyyət” adlı yeni fəlsəfi təlimə həsr olunmuş traktat yazıb oxumaq üçün bir çox alimə, o cümlədən Ali Attestasiya Komissiyasının keçmiş sədri rəhmətlik akademik Azad Mirzəcanzadəyə göndərmişdim. Bu kitabda fəlsəfə tarixində epizodik olaraq ayrı-ayrı filosoflar tərəfindən tam aydın təsəvvür olunmadan səsləndirilən tirializmin - insanın üçlü mahiyyətə malik varlıq olmasına həsr olunan yeni fəlsəfi təlimdən bəhs edilir. Bir gündən sonra Azad müəlim məni komissiyaya dəvət etdi. Bu kitabı nə üçün ona təqdim etdiyimi soruşdu. Mən də dedim ki, elə-belə, istədim bir elm adamı kimi oxuyub rəy bildirəsiniz. Azad müəllim bildirdi ki, kitabı ona verəndə əhəmiyyətsiz bir şey kimi baxıb və axşam elə-belə vərəqləyib bir kənara atmaq istəyib. Amma sonradan  axıra qədər oxuyub və yüksək elmi bir əsər olması qərarın agəlib. Azad müəllim bu kitabın fundamental elmi yenilik olduğunu nəzərə alıb (çünki fəlsəfədə insan haqqında iki fəlsəfi cərəyanın - monizm və dualizm hakim mövqedədir. Mən bu kitabda insan haqqında hər iki mövqenin yanlış olduğunu, insanın üç təbiətli varlıq olduğunu sübut etmişəm) “VAK”ın əsasnaməsinə görə mənə birbaşa elmlər doktoru adı verilməsinin zəruriliyini bildirdi. O vaxt bir kitaba görə namizədlik, yaxud doktorluq dərəcəsini almaq olurdu. Dedim ki, mən müxalif adamam, Azərbaycanda elm də siyasiləşdirilib. Mənə birbaşa elmlər doktoru statusunun verilməsinə hakimiyyət imkan verməz. Azad müəllim dedi ki, bu, onun problemidir, Prezident Aparatı ilə danışıb əsərin əhəmiyyətini izah edib razılıq alacaq. Bir neçə gündən sonra məlum oldu ki, Prezident Aparatından Azad müəllimin qarşısında şərt irəli sürərək deyiblər ki, əgər məmə birbaşa elmlər doktoru elmi adı veriləcəksə, bu, iki məşhur yazıçıya da şamil edilməlidir. O, bunu istəmədiyindən mənim bu şərtə münasibətimi soruşdu. Dedim ki, mənə görə siz prinsiplərinizə xəyanət etməyin, iki nəfər layiq olmayanın alim adı almasındansa, mən layiq olsam da bu adı almaqdan imtina edirəm.

Həmin vaxt digər alimlər də kitabıma çox yüksək qiymət verdilər. Məsələn, məhrum filosof, akademik Cəmil Əhmədli “Xalq qəzeti”ndə əsərimlə bağlı böyük bir məqalə yazmışdı və orada bildirmişdi ki, Sərdar Cəlaloğlu bu kitabı ilə ilk dəfə Azərbaycanda fəlsəfi dil yaradıb. Sonradan öyrəndim ki onun bu məqaləsi böyük diskussiyalara səbəb olub. Hətta bir nəfər fəlsəfə sahəsində akademik Cəmil müəllimə irad bildirib ki, necə ola bilər, biz fəlsəfəyə aid yüzlərlə kitab yazmışıq, bu qədər akademik, professor olsa da, Azərbaycan fəlsəfə dilini Sərdar Cəlaloğlu yaradır? Cəmil müəllim cavabında deyib: “Mən də akademikəm, həmin sözlər mənə də aiddir. Əgər siz onun kimi bir cümlə yazsanız, mən mətbuatda üzr istəyib fikrimi dəyişəcəm”. Cəmil müəlimə nahaq yerə mənə görə qınaqlara məruz qaldığını dedim. O, bunu sənə gorə yox, elmə görə etdiyini dedi. Beləliklə, hər iki akademik - Azad Mirzəcanzadə əsəri elmi fundamentallığına, Cəmil Əhmədli isə dil üslubuna görə yüksək qiymətləndirdi.

Amma bu, Sərdar Cəlaloğlunun ilk əsəri olmayıb. Onun ilk əsəri 1994-cü ildə türkəçarəyə həsr olunub ki, nə az, nə çox, 100 min tirajla çap olunub:

- 1994-cü ildə 100 min tirajla tibbi-etnoqrafik əsərim çıxmışdı. O kitab  türkəçarənin elmi-tibbi və etnoqrafik tədqiqinə həsr olunmuşdu. Bu kitab da çox böyük rezonans yaratdı. Elmlər Akademiyasının Nəbatət bağının direktoru Oruc müəllim mənimlə əlaqə saxlayıb görüşmək istədiyini bildirdi. Özünü şəxsən tanımasam da alimlərə olan böyük hörmətimə görə görüşə getdim. İxtisasca həkiməm, ona görə də mənim üçün tibbi etnoqrafiya ilə əlaqələndirmək çətinlik törətmirdi. Mən də dünyada ilk dəfə olaraq xalq təbabətinin elmi-tibbi etnoqrafik tədqiqatını aparıb bu kitabı yazmışdım. Yəni, türkəçarənin (ara həkimliyi də deyilir) tibbi xarakteristikası ilə yanaşı, onun etnoqrafik təhlilini də vermişdim. İstifadə etdiyim etnoqrafik materialları şəxsən özüm Elmlər Akademiyasının Naxçıvan filialının dissertantı kimi 5 il ərzində elmi ekspedisiyaların tərkibində iştirak etməklə Naxçıvan Muxtar Respublikasının ərazisindən toplamışdım, buna görə də materialların çoxu orijinal idi, həm də həmin materialları elmi təbabətin prinsiplərinə uyğun təhlil etmişdim və bir çox ciddi elmi sualların cavabı aydınlaşmışdı. Məsələn, heç bir laboratoriya, diaqnostik vasitələr olmadan min il bundan öncə insanlar nəyin hansı xəstəliyə xeyirli olduğunu necə tapıblar və s. Oruc müəllim dedi ki, bu olduqca ciddi tədqiqatdir, amma bunu bütün ölkə ərazisi üzrə aparıb Azərbaycan xalq təbabətinin ümumi elmi-tibbi etnoqrafik tədqiqatını aparmaq lazımdır. Əgər razısansa, akademiyada bir komissiya yaradaq və siz onun sədri olun və bu problemlə məşğul olaq. Dedim ki, Oruc müəllim, mən siyasətlə məşğulam, komissiyaya rəhbərlik etməyə vaxtım yoxdu, sadəcə, məsləhətçi kimi kömək edə bilərəm. Cavab verdi ki, mən inanmıram səndən başqa kimsə bu işi elmi əsaslarla həyata keçirsin. Razılaşmadım, odur ki,  bu səbəbdən də bu iş yarımçıq qaldı.

Amma bu da son olmayıb. Sərdar Cəlaloğlu siyasətə paralel uzun illər elmlə fundamental şəkildə məşğul olub. Tez-tez heç vaxt elmdən ayrıla bilmədiyini deyir: “Çünki mən elmlə yaşayıram”. 30 illik araşdırmalarının nəticəsi olaraq, 3500 səhifəlik üç cildlik bir əsər yazıb:

- “Mahiyyət”i yazdıqdan sonra 20 il ərzində insanın üçlü mahiyyətinin tarixin yaranmasında iştirakına həsr olunan “Bəşər tarixinin mahiyyəti haqqında” üç cildlik əsər yazdım. Kitab “İlahi siyasət-Tərəqqinin metafizikası” adlanır. Onların çapı üçün böyük məbləğ lazım olduğundan hələ ki qalıb. “Tarix niyə yaranır, bunun səbəbində nə  dayanır, Allah insanları hansı missiya üçün yaradır, bəşər tarixində ictimai-siyasi inkişaf, düşüncədə baş verən dəyişiklik, elmin, mədəniyyətin, siyasi həyatın inkişafı, nəhəng kəşflər, dünyada fəthlər, yaradıcılıqlar və s. bunların arxasında nə durur” kimi suallara bu üç cilddə cavab tapmağa çalışdım. Akademiyanın elə institutu var ki yarandığı gündən indiyədək buna bərabər fundamental bir əsər ortaya qoya bilməyib. 3 cildlik 3500 səhifəyə yaxın bir əsərdir. Bu əsərləri yazarkən elm və fəlsəfəyə aid, eləcə də müxtəlif ədəbiyyata dair təxminən 3000-ə yaxın ədəbiyyatı tədqiqat işinə cəlb etdim. Onlardan 450 nəfəri müxtəlif sahələrdə Nobel mükafatı alan müxtəlif kəşflərə imza atan insanlardır. Bu kitabda elmdən və fəlsəfədən  məlum olan fikir və ideologiyalardan fərqli, çoxlu yeni nəticələr əldə etmişəm.

Sərdar Cəlaloğlu 2003-cü ildə həbsxanaya düşəndə də bekar qalmır. Öz aforizmlərini yazır. Elə həbsxanada ola-ola xəbər tutur ki, həyat yoldaşı onları kitablaşdırıb:

- 2003-cü ildə həbsxanaya düşdüm. Altı ay tək adamlıq kamerada qaldım. Heç kimlə ünsiyyətdə olmadım. Orada aforizmlərimi yazdım. Maraqlıdır ki, aforizm yazanların əksəriyyəti eyni taleni yaşayıb, ya həbsxanada, ya yürüşdə olanda ən böyük aforizmlərini yazıblar. Həbsxanada ikən həyat yoldaşım mənə hədiyyə olaraq həmin aforizmləri kitab şəklində çap etdirdi. O kitabdan həbsxana rəhbərlərinə xatirə olaraq bağışladım. Nə qədər olmasa da onların ərazisində yazılmışdı (zarafat edirəm).

Sərdar Cəlaloğlu elmlə dini görüşlərin ziddiyyətlərinin səbəbləri barəsində  düşünür. Onu ən çox “mütləq həqiqətə çatmağın qeyri-mümkünlüyü” ilə bağlı fəlsəfədə hakim olan mühakimə maraqlandırır. Özünün də dediyi kimi, bu maraq üzündən bir çox araşdırmalar apararaq Platondan bu yana tapılmayan sualı cavablandırıb:

- Məni həmişə bir məsələ düşündürürdü: “Nə üçün mütləq həqiqqət dərk olunmazdır və insan nə üçün yalnız nisbi olaraq onu dərk edə bilir? Mütləq həqiqəti necə dərk etmək olar?” Bu, məni çox düşündürürdü. Odur ki, mütləq həqiqət barəsində kondisiologiya adlı elm yaratdım. “Mütləq həqiqət nədir, ona çatmaq olarmı? Əgər olarsa, bu hansı üsulla, hansı qanunauyğunluqlarla mümkündür” kimi suallara cavab tapmağa çalışdım. Burada çox maraqlı bir məsələ ortaya çıxdı. Müəyyən etdim ki, mütləq həqiqət yalnız bu dünyadan - hissi təcrübədən dərk oluna bilməz. Bunu nəzərə alıb fizika ilə metafizikanı vəhdətdə tədqiq etdim, nəticədə mütləq haqqında elm -  kondisiologiya meydana çıxdı. Kondisiologiya - mütləq (şərt) haqqında elm deməkdir. Burda çətinlik metafizika ilə bağlı oldu. Ona görə əvvəlcə metafizikanı daha dərindən araşdırdım və onun hər dörd sahəsinə - Ontologiya, Pnevmotologiya, Kosmologiya və Rasional Teologiya ilə bağlı dörd kitab yazdım.

Məni bir məsələ də düşündürürdü: Ploton deyirdi ki, əvvəl ideya olub, sonra həmin ideya materiyaya çevrilib. “Quran”da da deyilir ki, Allah – təala yaratmaq istəyəndə “ol” (ərəbcə “Kun”) əmri verir və şey olur. Buradan da sözün materiyaya necə keçməsi məsələsinə aydınlıq gətirmək lazım gəlir. Bəşər tarixində elmin, fəlsəfənin və dinin arasında ciddi fikir ayrılığına səbəb olan ən böyük sual budur. Hətta Aristotel də Ploton fəlsəfəsinə əks materializm təlimini bu sualın cavabsız qalması əsasında yaratmışdı. Çünki Platon “ideya necə materiyaya çevrilir” sualına cavab verə bilməmişdi.  Buna antik dövrdə nə Platon, nə də ondan sonrakı dövrlərdə kimsə cavab tapmayıb. Amma mənə tədqiqatlardan sonra aydın oldu ki, bu keçid necə baş verir. Bu zaman bəşər tarixinin ən böyük problemini - sözün, ideyanın materiyaya və əksinə materiyanın fikrə keçməsi məsələsini izah edən nəzəriyyə yaratdım. Bu problem dinlə elm arasında olan fikir ayrılığını da aradan qaldırır. Hansı ki, din deyir ki, dünyanı Allah sözlə yaradıb, elm isə deyir ki, dünyada hər şey maddidir. Bu gün ona görə də onlar bir-birini inkar edir. Apardığım tədqiqatlar göstərir ki, dinlə elmin dediklərini eyniləşdirmək olar. Həqiqətən materiya sözdən - ideyadan yaranıb.

Mütləq həqiqət, ideyadan materiyanın əmələ gəlməsi barəsində araşdırma aparan Sərdar Cəlaloğlu Eynşteynin Nisbilik nəzəriyyəsinin bəzi “çatışmazlıq”larını üzə çıxarıb:

- Metafizikadan kosmosa necə keçmək olar, Ruh necə olur ki, o biri dünyaya - Axirətə gedir, ümumiyyətlə, Axirət doğrudandamı var? Bu, suallar barədə də fikirləşirdim. Nəzəriyyəm də elmi-fəlsəfi olduğu üçün bir çox alim və filosofların yanaşmaları - nəzəriyyələri, fərziyyələri və gümanları ilə tanış oldum. Mənə aydın oldu ki, Eynşteynin ümumi nisbilik nəzəriyyəsi Allah tərəfindən kainatın yaradılması məsələsinə aydınlıq gətirməyə ən yaxın nəzəriyyə olsa da, sofistikanın tələsinə düşərək yanlış nəticəyə gəlib. Buna səbəb də onun Aristotel məntiqi ilə düşünməyi idi. Fəlsəfi qanunlar əsasında Eynşteynin ümumi nisbilik nəzəriyyəsini tənqid etdim. Oradakı səhv olan məqamları nəzərə alandan sonra özümün mütləq nisbilik nəzəriyyəmi ortaya qoydum. Nəzəriyyənin mahiyyəti ondan ibarətdir ki, zaman və məkan bir-birini şərtləndirməyəndə, tamamilə fərqli ölçülər sistemi əmələ gəlir. Eynşteynin ümumi nisbilik nəzəriyyəsindən belə alınır ki, işıq sürətinə yaxın sürətlə hərəkət zamanı vaxt uzanır və yer vaxtı ilə işıq sürəti ilə hərəkət edənin vaxtı bir-birindən fərqlənir. Məsələn, işıq sürətilə bir dəqiqədə hərəkət kosmik sürətlə hərəkətin bir neçə ilinə bərabər olur.

Eynşteyin fəlsəfəni dərindən bilmədiyindən fəlsəfi qanunları nəzərə almadan elmi mühakimə irəli sürüb və buna görə yanlış bir nəzəriyyə meydana çıxıb.

Bu ölçülər sisteminin yanlışlığını kifayət qədər elmi əsaslarla inkar etdim. Fizikanın üç əsas qanunlarından - kinematika, yəni hərəkətin trayektoriyası, dinamika - Nyuton fizikası və astrofizikanı qarşılıqlı şəkildə əlaqələndirərək elmi əsaslarla metafizikadan kosmosa keçidin prinsiplərini ortaya qoydum. İdeyanın materiyaya çevrilməsinin sirrini açdım. Bu nəzəriyyəni Elmlər Akademiyasının prezidenti Akif Əlizadəyə təqdim etmişəm. Müəlliflik hüquqlarına verib müəlliflik şəhadətnaməsi almışam. Həm də İranda Nobelə alternativ olan Mustafa mükafatına təqdim etmişəm, Türkiyə elmi dairələrinə dəgöndərmişəm. Hələ ki heç bir cavab almamışam. 

Kondisiologiya elmini nəzəriyyələr elmi də adlandırmaq olar. Buna görə çoxlu elmi nəzəriyyələr vermişəm. Bura dilin əmələ gəlməsi, formalaşma və  formaların əvəzlənməsi, hərəkətin formaya, formanın hərəkətə keçməsi, sinesteziya, metamorfoza, metastaz və s. kimi hadisələri izah edən nəzəiyyələr aiddir.

Sərdar Cəlaloğlu ən sonda tələbəlik və orta məktəb illərindən danışır. Deyir ki, hələ o vaxtdan ağlına yeni-yeni nəzəriyyələr gəlirdi. Amma ona qulaq asmırdılar.

- Tibb İnstitutunda təhsil aldığım illərdə də bir çox nəzəriyyələr fikirləşmişdim. Onlardan biri eşitmənin fiziologiyası ilə bağlı idi. Mən səs dalğasının necə impulsa çevrilməsini izah edən bir fiziki-bioloji nəzəriyyə irəli sürmüşdüm. Amma o vaxt fiziologiya kafedrasının müdiri Qəhrəman müəllimə bu barədə danışanda dedi ki, “get burdan, mən özüm də hər dəfə oturanda ağlıma yüz dənə nəzəriyyə gəlir”. Heç mənə qulaq da asmadı, imkan vermədi ki, nəzəriyyəni əsaslandırım.

İnstitutu qartarandan bir il sonra işlədiyim sahəyə aid “meyit qıcıması” haqqında yeni bir nəzəriyyə işlədim, hansı ki, həm də nevrologiya elmində bir inqilab yarada bilərdi. Həmin nəzəriyyəni Moskvada Məhkəmə Tibb Ekspertizası İnstitutuna təqdim etdim, çox yüksək qarşılandım, mənə təkif etdilər ki, gəl institutda tədqiqat apar, o vaxt təyinat müddətində olduğumdan Bakıdan imkan vermədilər. Üç ildən sonra isə gec oldu. Artıq ailə qurmuşdum və çoxlu qayğılarım var idi...

Bu qədər fəlsəfə, elm, nəzəriyyə barəsində danışdığını görüb müsahibə belə bir sual veririk: 

- Tibb İnstitutunda bizə fəlsəfədən Məhəmməd müəllim dərs deyirdi. Məndə fəlsəfəyə, elmə marağı görüb dedi “Moskvada təzə tibbi fəlsəfə kafedrası açılıb, Aslan  müəllimlə (o vaxt Tibb İnstitutunun fəlsəfə kafedrasinin müdiri Aslan Nəcəfov) danışım, səni Moskvaya oxumağa göndərək, tibbi fəlsəfə mütəxəssisi kimi gəl burda işlə. Həkim çox adam ola bilər, amma həqiqi filosof-həkim ola biləcək adamlar tək-təkdir”. Razılaşmadım, dedim ki, həkim olacağam. Amma sən demə, müəllimim gələcəyimi məndən yaxşı görürmüş.

İndi bütünlükə özümü siyasətlə yanaşı, fəlsəfəyə və elmə həsr etmişəm. Həkimlikdən isə uzaqlaşmışam...